Estes são os passos que usei para converter arquivo ISO para WBFS.
Instale o programa wit:
$ sudo apt-get install wit
Verique se o arquivo ISO é de um jogo Wii:
$ wit ll -H Flatout.iso SF4E20 4482 NTSC Flatout
Neste caso o código do jogo é “SF4E20”, que usaremos como nome do arquivo WBFS:
$ wit -BP COPY Flatout.iso SF4E20.wbfs
Agora é só usar este arquivo SF4E20.wbfs com o WiiFlow.