Hoje resolvi compilar o Duke Nuken 3D para Linux e encontrei um passo-a-passo que simplificou o processo:
https://systemausfall.org/wikis/howto/Duke3DLinux
Se, assim como eu, você não conseguir baixar os patches no link indicado, você poderá usar o archive.org para encontra-los.
O arquivo libfmod-3.75 pode ser encontrado neste link:
http://www.fmod.org/files/fmod3/fmodapi375linux.tar.gz
Finalmente, após tudo compilado você precisará do arquivo duke3d.grp, para isso baixe o arquivo DUKE3D.shareware.GRP do site http://dukeguide.free.fr/download/GRP/ salve no diretorio onde você compilou o código fonte e renomeie para duke3d.grp