Nada mais chato que o balão de mensagem do Pidgin que insiste em aparecer quando você fecha a janela de conversação. E não tem jeito, não adianta procurar nas preferências do pidgin que você não encontrará como desativar.
A solução é editar o arquivo ~/.purple/prefs.xml e mudar o tooltip_delay para zero:
<pref name=’tooltip_delay’ type=’int’ value=’0’\ >
Depois disso os balões não irão mais aparecer.
Fonte:
http://pidgin.im/pipermail/support/2008-March/000899.html
ATUALIZAÇÃO: Uma outra opção é ir em Tools -> Plugins -> Libnotify Plugins -> Configure Plugins e desative o “New Message”. Obrigado ao Marco Aurelio pela dica.
Alan C. Assis 
Eu que agradeço Alan, senão fosse a sua dica eu não tinha achado essa opção do libnotify plugin.
Ainda bem que isso resolveu, já não aguentava mais esse balão com as mensagens, ele era muito chato..rs